Факт и совпадение, это абсолютно разные вещи. Если вы можете выявить процессы такого конфликта, то будет любопытно посмотреть.
Мы не знаем что наворочено в указанном вами клиенте и каким боком он лазит к стороннему ПО, но наш плагин никоем образом не касается работы другого ПО. Единственно, где может быть конфликт, так это с плагином VLC или другими плагинами, где используются DLL файлы, с одинаковым названием. Такой конфликт обнаружен в браузере Chrome, который пока не умеет их различать и поэтому работает только с одним из этих плагинов.
Ошибки в коде, на сайте/трекере, естественно могут тоже вызывать разные недоразумения в работе ПО и даже всей OC, но тут сможет разобраться только программист который обслуживает такой сайт/трекер.
P.S. Скиньте мне в личку адрес этого трекера, с которым у вас возникла такая проблема.